Το Boeing 737 με 183 επιβάτες ήταν προγραμματισμένο να απογειωθεί στις 16:40. Κατά τη διάρκεια της τροχοδρόμησης παρουσιάστηκε τεχνικό πρόβλημα και ο πιλότος επέστρεψε το αεροσκάφος στη θέση στάθμευσης, ενώ τεχνικοί έσπευσαν να ελέγξουν αν ήταν ασφαλές να πραγματοποιηθεί η πτήση.
Η διαδικασία ελέγχου κράτησε αρκετές ώρες. Σύμφωνα με πληροφορίες της ΕΡΤ Χανίων, όταν περίπου δύο ώρες αργότερα έγινε νέα προσπάθεια εκκίνησης των κινητήρων, εμφανίστηκε ξανά ένδειξη στα όργανα, με αποτέλεσμα νέα αναβολή και παραμονή των 183 επιβατών στο αεροσκάφος για περίπου πέντε ώρες συνολικά.
Η ένταση κορυφώθηκε όταν οι επιβάτες ζήτησαν νερό και τους ενημέρωσαν ότι θα έπρεπε να το πληρώσουν, γεγονός που επιβάρυνε ακόμη περισσότερο την ήδη τεταμένη ατμόσφαιρα. Μετά από περίπου πέντε ώρες έγινε τελικά το «πράσινο φως» για αναχώρηση, αλλά τη στιγμή που το αεροσκάφος άρχισε και πάλι να τροχοδρομεί αρκετοί επιβάτες αρνήθηκαν να συνεχίσουν το ταξίδι.
Ακολούθησαν έντονες φωνές και μεγάλη αναστάτωση: μία γυναίκα λιποθύμησε και μία ακόμη υπέστη κρίση πανικού. Η Αστυνομία κλήθηκε στο σημείο και οι αστυνομικοί επιχείρησαν να κατευνάσουν τα πνεύματα. Τελικά 25 επιβάτες αποφάσισαν να μην ακολουθήσουν την πτήση και αποβιβάστηκαν.
Κατά τη μεταφορά των αποβιβασθέντων με λεωφορεία προς την πόλη των Χανίων, μία γυναίκα τραυματίστηκε στο πόδι και χρειάστηκε η συνδρομή του ΕΚΑΒ. Το ασθενοφόρο τη μετέφερε στο νοσοκομείο για τις πρώτες βοήθειες.
Οι υπόλοιποι επιβάτες συνέχισαν τελικά την πτήση και το αεροσκάφος αναχώρησε από το «Δασκαλογιάννης» στις 21:50, με περίπου πέντε ώρες καθυστέρηση και σε κλίμα έντασης και αγανάκτησης από πλευράς των ταξιδιωτών.
