Η εμπλοκή του Μίκη Θεοδωράκη με την πολιτική ξεκίνησε από πολύ νωρίς, όταν αμέσως μετά τα Δεκεμβριανά άρχισε να διώκεται από τις αστυνομικές Αρχές. Το 1947, σε ηλικία 27 ετών, συνελήφθη και εστάλη στην Ικαρία, απ’ όπου και απέτυχε, παρά την οργανωμένη προσπάθεια, να αποδράσει. Με τη γενική αμνηστία που έδωσε η κυβέρνηση του Θεμιστοκλή Σοφούλη, ο Θεοδωράκης περνάει στην παρανομία και συμμετέχει στη δράση του Δημοκρατικού Στρατού. Καταλήγει εκ νέου στην Ικαρία, ύστερα από τη σύλληψή του στο πατρικό του σπίτι, όπου κατέφυγε άρρωστος από πλευρίτιδα. Ακολουθεί εκτοπισμός στη Μακρόνησο, όπου και υπομένει πολύ σκληρά βασανιστήρια. Μετά από παρέμβαση του πατέρα και του θείου του, που ήταν ανώτεροι δημόσιοι υπάλληλοι, ο Μίκης θα απελευθερωθεί ως ανάπηρος (τα βασανιστήρια του προκάλεσαν παράλυση). Το 1963 ιδρύεται η Νεολαία Λαμπράκη, ως αντίδραση στη δολοφονία του βουλευτή της Αριστεράς Γρηγόρη Λαμπράκη, και ο Θεοδωράκης εκλέγεται πρόεδρος. Σύντομα θα εκλεγεί και βουλευτής της ΕΔΑ.
Τα χρόνια της δικτατορίας
Με την επιβολή της δικτατορίας, στις 21 Απριλίου του 1967, ο Θεοδωράκης περνάει και πάλι στην παρανομία και έναν μήνα αργότερα ιδρύει την αντιστασιακή οργάνωση ΠΑΜ, κηρύσσοντας πανστρατιά εναντίον του καθεστώτος. Το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς φυλακίζεται στο κτίριο της Ασφάλειας επί της οδού Μπουμπουλίνας. Τα γεγονότα είναι πυκνά και διαδέχονται με ταχύτητα το ένα το άλλο: απομόνωση, φυλακές Αβέρωφ, μεγάλη απεργία πείνας, αποφυλάκιση και κατ’ οίκον περιορισμός, εκτόπιση με την οικογένειά του στη Ζάτουνα και, τέλος, στρατόπεδο Ωρωπού.
Στον Ωρωπό ο Θεοδωράκης αντιμετωπίζει εκ νέου προβλήματα με την υγεία του ενώ στο εξωτερικό ξεσπά θύελλα διαμαρτυριών. Πρόσωπα όπως ο Άρθουρ Μίλερ, ο Ιβ Μοντάν, ο Ντμίτρι Σοστακόβιτς και ο Λόρενς Ολίβιε ζητούν επιτακτικά την απελευθέρωσή του κι έτσι καταλήγει εν έτει 1970 στο Παρίσι, απ’ όπου και απευθύνει ξανά έκκληση για την ανάγκη πτώσης του δικτατορικού καθεστώτος. Το 1972 συναντά τον Γιασέρ Αραφάτ στο Ισραήλ, όπου πηγαίνει για να δώσει συναυλίες, και ενθαρρύνει τις συνομιλίες μεταξύ Παλαιστινίων και Ισραηλινών.
Δράση και πρωτοβουλίες κατά τη διάρκεια της μεταπολίτευσης
Επιστρέφοντας στην Ελλάδα, όταν πλέον η χούντα έχει καταρρεύσει, ο Θεοδωράκης έχει μετατραπεί σε κάτι περισσότερο από το σύμβολο της Αριστεράς που εκπροσωπούσε κατά τη διάρκεια των πρώτων μεταπολεμικών δεκαετιών. Απαλλαγμένος από κομματικές δεσμεύσεις, μιλάει για τα λάθη της Αριστεράς, υπερασπίζεται όμως την ενότητά της και αποτελεί μια κορυφαία προσωπικότητα του αντιδικτατορικού αγώνα που απευθύνεται σε μεγάλο αριθμό ανθρώπων οι οποίοι δεν υπάγονται στη σφαίρα της αριστερής επιρροής. Πρόκειται πλέον για ένα πρόσωπο με διεθνή αναγνώριση και καταξίωση, που θεωρεί ότι η λύση του Κωνσταντίνου Καραμανλή είναι η μόνη η οποία μπορεί να εγγυηθεί τη διαδικασία μετάβασης στη δημοκρατία. Ο Θεοδωράκης θα βάλει υποψηφιότητα για τη Β’ Πειραιά με τον σχηματισμό της Ενωμένης Αριστεράς, αλλά δεν θα εκλεγεί. Παρόλα αυτά συνεχίζει την πολιτική του δραστηριότητα, αναλαμβάνοντας, μεταξύ άλλων, να προσκαλέσει στην Ελλάδα τον Φρανσουά Μιτεράν. Τον Οκτώβριο του 1978 θα κατέβει ως υποψήφιος δήμαρχος Αθηναίων με το ΚΚΕ, λαμβάνοντας ποσοστό 16,7% των ψήφων. Εν συνεχεία συγκροτεί την Κίνηση για Ενιαία Αριστερά (ΚΕΑ), φιλοδοξώντας να συσπειρώσει ανθρώπους που επιθυμούν μιαν ανεξάρτητη, χωρίς κομματική ένταξη, συνεργασία με το ΚΚΕ. Το 1981 εκλέγεται βουλευτής με το ΚΚΕ στη Β΄ Πειραιά και το 1985, πάντα με το ΚΚΕ, εκλέγεται βουλευτής Επικρατείας. Έναν χρόνο αργότερα θα παραιτηθεί.
Το 1986 δημιουργούνται οι επιτροπές ελληνοτουρκικής φιλίας στην Ελλάδα με πρόεδρο τον ίδιο και στην Τουρκία με τη συμμετοχή μορφών της τέχνης και της λογοτεχνίας όπως ο Αζίζ Νεσίν, ο Γιασάρ Κεμάλ και ο Ζουλφί Λιβανελί. Ο Θεοδωράκης δίνει πολλές συναυλίες στην Τουρκία και μεταφέρει μηνύματα των πρωθυπουργών Ανδρέα Παπανδρέου και Κωνσταντίνου Μητσοτάκη προς την τουρκική κυβέρνηση. Το 1988 διοργανώνονται στην τότε Δυτική Γερμανία με δική του πρωτοβουλία δύο συνέδρια για την ειρήνη, το ένα στο Τίμπινγκεν και το άλλο στην Κολωνία. Το 1990 δίνει συναυλίες σ’ όλη την Ευρώπη, υπό την αιγίδα της Διεθνούς Αμνηστίας, για την ηλιακή ενέργεια, όπως και κατά του αναλφαβητισμού και των ναρκωτικών. Παράλληλα δίνει μάχη για τα ανθρώπινα δικαιώματα σε χώρες όπως η Αλβανία και η Τουρκία.
Στη Βουλή ο Θεοδωράκης θα επανέλθει ως ανεξάρτητος, συνεργαζόμενος με τη Νέα Δημοκρατία, τον Νοέμβριο του 1989. Επανεκλεγείς τον Απρίλιο του 1990, θα αναλάβει χρέη, για δυόμισι χρόνια, υπουργού Άνευ Χαρτοφυλακίου και στη συνέχεια υπουργού Επικρατείας, για να παραιτηθεί όμως για άλλη μια φορά τον Οκτώβριο του 1992 από υπουργός και τον Μάρτιο του 1993 από βουλευτής.
Τον Δεκέμβριο του 2010 ο Θεοδωράκης ανακοινώνει την ίδρυση Κινήματος Ανεξάρτητων Πολιτών με την ονομασία «Σπίθα». Τον Σεπτέμβριο του 2013 αποστρατεύει εαυτόν από τη «Σπίθα». Το 2015 συμπαρατάσσεται με την κυβέρνηση του ΣΥΡΙΖΑ, αλλά αργότερα της ασκεί έντονη κριτική. Η τελευταία πολιτική πράξη του Θεοδωράκη είναι η συμμετοχή του στο αθηναϊκό συλλαλητήριο του Ιανουαρίου του 2018 για τη Μακεδονία, που προκάλεσε πολύ διαφορετικές αντιδράσεις, με καταγωγή από ολόκληρο το πολιτικό φάσμα.
Μετέχοντας στις τάξεις της Αριστεράς, ο Θεοδωράκης υπερασπίστηκε πάντοτε σθεναρά τις αρχές της: τη σημασία της ως ηγετικής δύναμης που μάχεται για το έθνος, την ικανότητά της να συζητήσει και να λύσει το Κυπριακό, μέσα από μια ζωτική συνεννόηση με την Τουρκία, όπως και το βάρος της στη θεμελίωση του δημοκρατικού πολιτεύματος. Θα πρέπει, βεβαίως, να προστεθεί ότι υψηλή παρέμεινε η πίστη του και στις κοινωνικές αξίες της Αριστεράς, όπως ο αγώνας κατά της οικονομικής ανισότητας και το αίτημα για μια δίκαιη αναδιανομή των εισοδημάτων.