Η αντίδραση των περιβαλλοντικών οργανώσεων στην προτεινόμενη πολεοδόμηση εντός προστατευόμενων περιοχών αποκτά όλο και περισσότερο ενδιαφέρον. Οι οργανώσεις ANIMA, ΑΡΚΤΟΥΡΟΣ, ΑΡΧΕΛΩΝ και άλλες, έχουν εκφράσει την έντονη ανησυχία τους σχετικά με τις επιπτώσεις που μπορεί να έχει ο προτεινόμενος νόμος για τις περιοχές Natura.
Σύμφωνα με το κοινό σχόλιο που υπέβαλαν, οι προτεινόμενες επεκτάσεις οικισμών και σχεδίων πόλεων σε ζώνες βιώσιμης διαχείρισης φυσικών πόρων εγείρουν πολλαπλά προβλήματα. Οι οργανώσεις προειδοποιούν ότι αυτές οι ρυθμίσεις ανοίγουν τον δρόμο για την υποβάθμιση των προστατευόμενων περιοχών υπό το πρόσχημα του πολεοδομικού σχεδιασμού.
Ιδιαίτερα επικριτική είναι η θέση τους για την προϋπόθεση συμβατότητας ανάμεσα στις πολεοδομούμενες επεκτάσεις και τις ειδικές μελέτες καθορισμού μέτρων και ζωνών προστασίας. Επισημαίνουν ότι οι ΕΠΜ δεν έχουν εξετάσει τα πολεοδομικά ζητήματα και αν η επικαιροποίησή τους δεν θα οδηγήσει σε πρόσθετες καθυστερήσεις και αντιφατικές λύσεις.
Οι περιβαλλοντικές οργανώσεις τονίζουν ότι το ανώτερο όριο του 20% για την πολεοδόμηση στις ζώνες βιώσιμης διαχείρισης των φυσικών πόρων δεν τεκμηριώνεται επαρκώς και πιθανώς να αναφέρεται σε μεγάλες εκτάσεις που δεν είναι συνδεδεμένες με συγκεκριμένα πολεοδομικά μεγέθη.
Ο νόμος προτείνει επίσης τη ρύθμιση δραστηριοτήτων, επιτρέποντας ορισμένες να γίνονται οριζόντια σε όλες τις ζώνες προστασίας, κατάσταση που εκτιμούν ως επικίνδυνη, ειδικά για τις ζώνες απόλυτης προστασίας και προστασίας της φύσης.
«Ρητή απαγόρευση πολεοδόμησης εντός προστατευόμενων περιοχών» ζητούν οι οργανώσεις, προσδιορίζοντας ότι οι υπάρχουσες παρεκκλίσεις θα πρέπει να αφορούν αποκλειστικά περιπτώσεις υπέρτερου δημόσιου συμφέροντος. Οδηγίες για τη σαφή μεθοδολογία τεκμηρίωσης ως προς την αναγκαιότητα των επεμβάσεων και η δέσμευση για ανάλυση των σωρευτικών επιπτώσεων είναι επίσης αναγκαίες, όπως επισημαίνουν.
Στο πλαίσιο των προτάσεών τους παρατίθεται ιδιαίτερη έμφαση για την απαγόρευση τακτοποίησης αυθαιρέτων και επέκτασης οικισμών για τη νομιμοποίηση παράνομης δόμησης. Επιπλέον, επισημαίνουν τη σημασία της σαφούς ιεράρχησης των δραστηριοτήτων ανάλογα με το βαθμό προστασίας των ζωνών.
Οι οργανώσεις τόνισαν ότι είναι απαραίτητη η συνεργασία και η επικοινωνία μεταξύ των φορέων για έναν αποτελεσματικότερο σχεδιασμό που θα προάγει την προστασία των φυσικών περιοχών και των οικοσυστημάτων.

